Có 25 phân loài hải ly châu Mỹ nhưng có nhiều phân loài đã được tái di thực tới các khu vực trước đây là vùng có các phân loài sống biệt lập sau khi số lượng của các số phân loài này sụt giảm hay tuyệt chủng. Điều này dẫn đến tình trạng lai tạp giữa các phân loài, khiến một số phân loài hoàn toàn biến mất.

Các phân loài phổ biến lớn nhất tại Bắc Mỹ là C. c. acadicus, C. c. canadensis (hải ly Canada), C. c. carolinensis (hải ly Carolina), và C. c. missouriensis (hải ly sông Missouri).[8] Hải ly Canada ban đầu có ở tất cả những khu rừng của Canada,[9] và vì da chúng có giá trị nên thường được chọn để di thực tại những nơi khác. Hải ly Carolina có ở đông nam Hoa Kỳ, hải ly sông Missouri, như tên của chúng ám chỉ, được thấy tại lưu vực sông Missouri và các sông nhánh của nó, và C. c. acadicus được thấy khắp khu vực New England thuộc miền đông bắc Hoa Kỳ.